¿Cómo puedo establecer la contraseña de root de MySQL?

La forma más fácil es usar la consola de seguridad, a la que puedes acceder a través de http://localhost/security/. Esta consola crea una contraseña para el usuario root de MySQL y ajusta la configuración de phpMyAdmin.

Otra forma es configurarlo con el "XAMPP Shell" (línea de comandos). Abre el shell y ejecuta este comando:

mysqladmin.exe -u root password SU-PASSWORD

Fuente: https://www.apachefriends.org/es/faq_windows.html